На главную страницу второго семестра 

Консервативные аминокислотные остатки в выборке 9 потенциальных ортологов белка DEF_ECOLI


Матрица попарного сходства 

                 DEF1_VIBVU   DEF2_VIBVY   DEF1_VIBCH    DEF_ECOLI    DEF_PASMU    DEF_HAEDU    DEF_XYLFT    DEF_BUCBP   DEF2_VIBVU 
    DEF1_VIBVU          100%                                                                                                        
    DEF2_VIBVY           84%         100%                                                                                           
    DEF1_VIBCH           87%          73%         100%                                                                              
     DEF_ECOLI           71%          60%          69%         100%                                                                 
     DEF_PASMU           60%          50%          61%          64%         100%                                                    
     DEF_HAEDU           57%          48%          57%          55%          63%         100%                                       
     DEF_XYLFT           55%          46%          55%          53%          49%          40%         100%                          
     DEF_BUCBP           46%          39%          44%          47%          45%          43%          42%         100%             
    DEF2_VIBVU           45%          38%          45%          50%          38%          35%          45%          42%         100%

Множественное выравнивание


                                                                                                                                                                                                       
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0                   *                 8 0              
D E F 1 _ V I B V U   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M S V L Q V L T F P D D R L R T V A K P V - - - E K V T P E I Q K I V D D M I E T M Y D E E - G I   :     4 5
D E F 2 _ V I B V Y   :   M L L G C C H L G Y K M S R I E P T R F V L F R H S S T F R V H M S V L Q V L T F P D D R L R T V A K P V - - - E K V T P E I Q K I V D D M I E T M Y D E E - G I   :     7 7
D E F 1 _ V I B C H   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M S V L Q V L T F P D D R L R T V A K P V - - - E Q V T P E I Q Q I V D D M L E T M Y A E E - G I   :     4 5
D E F _ E C O L I     :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M S V L Q V L H I P D E R L R K V A K P V - - - E E V N A E I Q R I V D D M F E T M Y A E E - G I   :     4 5
D E F _ P A S M U     :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M A R L N V L V Y P D E R L K I I A K P V - - - V E V N D E I R E I V D N M F E T M Y L E E - G I   :     4 5
D E F _ H A E D U     :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M S V L Q V V L Y P D D R L T K V C E P V - - - T Q V D D E L N Q F I D D M F D T M Y Q E G - G I   :     4 5
D E F _ X Y L F T     :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M A L L P I L E F P D P R L R T K A V R V G V A E V V S S S F Q T L L D D M F E T M Y A A P - G I   :     4 8
D E F _ B U C B P     :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M S V L K I L K Y P D D R L R I I A K P I S - - - K I D T K I H N I I I N M F D T M Y Y E N - G I   :     4 5
D E F 2 _ V I B V U   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M A V L E I L T A P D P R L R V Q S K E V T - - - - D V A A V Q T L I D D L L E T L Y E T D N G V   :     4 5
                                                                                          M     L   6 6     P D   R L       a k p 6                           6 d 1 6   e T 6 Y   e     G 6            
                                                                                                                                                                                                       
                                          *               1 0 0                   *               1 2 0                   *               1 4 0                   *               1 6 0                
D E F 1 _ V I B V U   :   G L A A T Q V D I H Q R I V V I D I S E S R N E P M V L I N P E I L E K R G E D G I E E G C L S V P G A R A L V P R A A E V T V K A L D R D G H E F T L E A D D L   :   1 2 6
D E F 2 _ V I B V Y   :   G L A A T Q V D I H Q R I V V I D I S E S R N E P M V L I N P E I L E K R G E D G I E E G C L S V P G A R A L V P R A A E V T V K A L D R D G H E F T L E A D D L   :   1 5 8
D E F 1 _ V I B C H   :   G L A A T Q V D I H Q R I V V I D I S E T R D Q P M V L I N P E I I E K R G E D G I E E G C L S V P G A R A L V P R A A E V T V K A L D R N G Q E Y Q F D A D D L   :   1 2 6
D E F _ E C O L I     :   G L A A T Q V D I H Q R I I V I D V S E N R D E R L V L I N P E L L E K S G E T G I E E G C L S I P E Q R A L V P R A E K V K I R A L D R D G K P F E L E A D G L   :   1 2 6
D E F _ P A S M U     :   G L A A T Q V N I H Q R I I T I D V E G T K E N Q Y V L I N P E I I D S C G E T G I E E G C L S L P G F R G F V P R K E K V T I K A L D R H G E E Y T L S A E G L   :   1 2 6
D E F _ H A E D U     :   G L A A S Q V G V L K R V I T I D I E G D K T N Q V V L I N P E I L E S C G E T G I E E G C L S I P G Y R A L V P R K E K I T V K A L N R Q G E E V I Y H A D D L   :   1 2 6
D E F _ X Y L F T     :   G L A A T Q V N V H Q R F M V I D V S E E K N V P M V F I N P E I V T R E G D Q V F Q E G C L S V P G I H A D V T R A L S I V V R F L D R H G D E Q Q L T A E G L   :   1 2 9
D E F _ B U C B P     :   G L A A T Q V N I P L Q I I V I D K I E E L N H P L V L I N P K I T K R S G L T S I Q E G C L S I P N Y Q A E I S R S K K I T V T A L N Y F G K R I K L K T S S T   :   1 2 6
D E F 2 _ V I B V U   :   G L A A P Q V G R E E A I V V I D L S E N R D E P L V L V N P K V V S G S N K E M G Q E G C L S V P D Y Y A D V E R Y T S V V V E A L D R D G K P L R I E T S E F   :   1 2 6
                          G L A A   Q V         r   6 v I D     e             V l 6 N P e 6         g       i 2 E G C L S 6 P       a   6   R       6   6   a L 1 r   G             a     l            
                                                                                                                               
                                        *               1 8 0                   *               2 0 0                          
D E F 1 _ V I B V U   :   L A I C I Q H E L D H L Q G K L F V D Y L S P L K R K R I Q D K L A K I K R F N E K Q R -   :   1 7 0
D E F 2 _ V I B V Y   :   L A I C I Q H E L D H L Q G K L F V D Y L S P L K R K R I Q D K L A K I K R F N E K Q R -   :   2 0 2
D E F 1 _ V I B C H   :   L A I C V Q H E L D H L A G K L F V D Y L S P L K R N R I K E K L E K I K R F N E K K - -   :   1 6 9
D E F _ E C O L I     :   L A I C I Q H E M D H L V G K L F M D Y L S P L K Q Q R I R Q K V E K L D R L K A R A - -   :   1 6 9
D E F _ P A S M U     :   L A I C I Q H E I D H L N G I V F A D Y L S P L K R Q R M K E K L L K L Q K Q L A R Q K -   :   1 7 0
D E F _ H A E D U     :   F A I C I Q H E I D H L N G I V F V D H I S N L K R Q R I K D K M Q K L K K Q L Y R S K A   :   1 7 1
D E F _ X Y L F T     :   L A V C I Q H E M D H L D G K L F I D Y L S P L K R D M V R R K L E K Q R R R A S - - - -   :   1 7 0
D E F _ B U C B P     :   L S I C I Q H E I D H L I G K L L I D Y L S N L T N L K L L K K N K - - - - - - - - - - -   :   1 6 0
D E F 2 _ V I B V U   :   L A I V M Q H E I D H L S G N L F I D Y L S P L K Q Q M A M K K V K K H N K L R A R - - -   :   1 6 8
                          l a 6 c 6 Q H E 6 D H L   G   6 f   D y 6 S p L k             K     k                                

DEF_Ecoli и лиганд 
    Комментарии :

1)Цвета, отвечающие

за степень консервативности колонок:

черный -  100% идентичности

серый - более 80%



2)Зеленым цветом на рисунке показаны лиганды, 

 розовым-консервативные участки.

Я выяснила, что все аминокислоты 
 
на расстоянии 5 ангстрем

консервативны 

(G(46),L(47),A(48),Q(51),G(90),C(91),L(92),S(93),H(133),E(134),H(135)).

Из выше написанного, я думаю, следует сделать такой вывод: 

Если указанный участок консервативен( а он полностью консервативен),

то этот участок может служить маркёром,

 то есть по нему мы можем определять 

 данный мне белок DEF_ecoli и родствееные ему белки, 

 так как  он (этот участок) несет ответственность за основные функции белка.


Андреева Мария,2005